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Service de Modélisation Moléculaire

par Lionel Nauton - 14 novembre 2013

Le service de modélisation moléculaire est équipé de deux machines de calcul et de deux machines de visualisation dont une équipée de lunettes stéréoscopique pour la visualisation 3D. Le service propose son expertise, dans l’étude conformationnelle des composés synthétisés au laboratoire, dans le calcul des propriétés physiquo-chimiques de ces mêmes molécules (au niveau quantique, calculs de spectres UV-Visible, IR, réactivité chimique, biochimique...) Le service peut également traiter des systèmes de grandes tailles comme les protéines, avec la possibilité de refaire les affinements cristallographiques de ces systèmes, afin de bien préparer les cibles pour du Docking ou même pour des études d’interactions ligand-protéine, ou même protéine-protéine...

Modalités d’accès au service :

pour les locaux :

Dans le cadre des partenariats internes à l’institut, une contribution annuelle et par projet est demandée afin de pouvoir financer le paiement des licences utiles au bon fonctionnement du service.

pour les extérieurs :

  • Pour les académiques :

Le service étudie toutes les possibilités de collaborations extérieures à l’institut dans le cadre des savoir-faire et des possibilités liées aux différents types des licences des logiciels utilisés, nous contacter pour toutes demandes de devis.

  • Pour les partenariats industriels :

Nous contactez pour faire une étude de faisabilité en accord avec les droits d’utilisation de nos licences logiciels.

Membres du service

  • Vincent THERY, Maître de Conférences, Responsable du service, Equipe Synthèse Et Etude de Systèmes à Intérêt Biologique (SEESIB)
  • Bettina ABOAB, Maître de Conférences, Equipe Synthèse Et Etude de Systèmes à Intérêt Biologique (SEESIB)
  • Lionel NAUTON,Ingénieur d’Etudes CNRS

La modélisation moléculaire recoupe un grand nombre d’approche de la chimie, passant de la simple représentation en 3D de molécules ou de macromolécules (protéines), au calcul quantique des propriétés chimiques de ces mêmes molécules, en passant par les études de dynamiques.

Matériel disponible

  1. Station de calcul SMP, SGI altix 330 : machine sous linux (Suse 10.2).
  2. Station de calcul DELL, PowerEdge R815, 32 Processeur, 64 Go de RAM sous RHEL6.
  3. Station graphique : 4 processeurs, 8Go de Ram, sous fedora 19, carte graphique nVidia quadro FX 3800, permettant de faire de la stéréo.
  4. Plateforme internet de docking à haut débit sur des enzymes, couplé à la chimiothèque du laboratoire, elle même intégrée dans le réseau de la chimiothèque nationale. Cette plateforme est installée sur la grille de calcul auvergnate auvergrid (http://www.auvergrid.fr/), qui permet d’accéder à une grande capacité de calcul.

Logiciels disponibles

Calculs et modélisations :

Visualisations :

Cristallographie :

Docking :

Publications

  • 2016

Synthesis and preliminary in vitro kinase inhibition evaluation of new diversely substituted pyrido [3, 4-g] quinazoline derivatives, Author(s) : Wael Zeinyeh, Yannick J Esvan, Lionel Nauton, Nadège Loaëc, Laurent Meijer, Vincent Théry, Fabrice Anizon, Francis Giraud, Pascale Moreau. Source : Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, Volume 26, Issue 17, Pages 4327-4329.

Discovery of pyrido[3, 4-g] quinazoline derivatives as CMGC family protein kinase inhibitors : Design, synthesis, inhibitory potency and X-ray co–crystal structure, Author(s) : Yannick J Esvan, Wael Zeinyeh, Thibaut Boibessot, Lionel Nauton, Vincent Théry, Stefan Knapp, Apirat Chaikuad, Nadège Loaëc, Laurent Meijer, Fabrice Anizon, Francis Giraud, Pascale Moreau. Source : European journal of medicinal chemistry, Volume 118, Pages 170-177.

Synthesis and biological activity of pyrazole analogues of the staurosporine aglycon K252c,Author(s) : Yannick J Esvan, Francis Giraud, Elisabeth Pereira, Virginie Suchaud, Lionel Nauton, Vincent Théry, Lyubov G Dezhenkova, Dmitry N Kaluzhny, Vsevolod N Mazov, Alexander A Shtil, Fabrice Anizon, Pascale Moreau. Source : Bioorganic & medicinal chemistry, Volume 24, Issue 14, Pages 3116–3124.

Insights into the Thiamine Diphosphate Enzyme Activation Mechanism : Computational Model for Transketolase Using a Quantum Mechanical/Molecular Mechanical Method,Author(s) :Lionel Nauton, Virgil Hélaine, Vincent Théry, Laurence Hecquet. Source : Biochemistry, Volume 55, Issue 14, Pages 2144-2152.

  • 2015

Water‐Soluble Gold–N‐Heterocyclic Carbene Complexes for the Catalytic Homogeneous Acid‐and Silver‐Free Hydration of Hydrophilic Alkyneshttp://onlinelibrary.wiley.com/doi/...],Author(s) :Houssein Ibrahim, Pierre de Frémont, Pierre Braunstein, Vincent Théry, Lionel Nauton, Federico Cisnetti, Arnaud Gautier. Source :Advanced Synthesis & Catalysis, Volume 357, Issue 18, Pages 3893-3900.

Engineering a Thermostable Transketolase for Unnatural Conversion of (2S)-Hydroxyaldehydes, Author(s) : Juliane Abdoul Zabar, Marion Lorillière, Dong Yi, Saravanan Thangavelu, Titu Devamani, Lionel Nauton, Franck Charmantray, Virgil Hélaine, Wolf-Dieter Fessner, Laurence Hecquet. Source : Advanced Synthesis & Catalysis, Volume 357, Issue 8, Pages 1715-1720 => V.I.P

  • 2014

New N-1,N-10-bridged pyrrolo[2,3-a]carbazole-3-carbaldehydes : Synthesis and biological activities, Author(s) : Francis Giraud, Marion Bourhis, Lionel Nauton, Vincent Théry, Lars Herfindal, Stein Ove Døskeland, Fabrice Anizon, Pascale Moreau. Source : Bioorganic Chemistry, Volume 57, December 2014, Pages 108–115

New Potent and Selective Inhibitor of Pim-1/3 Protein Kinases Sensitizes Human Colon Carcinoma Cells to Doxorubicin. Author(s) : Moreau, Pascale ; G. Dezhenkova, Lyubov ; Anizon, Fabrice ; Nauton, Lionel ; Thery, Vincent ; Liang, Shuguang ; N. Kaluzhny, Dmitry ; A. Shtil, Alexander. Source : Anti-Cancer Agents in Medicinal Chemistry , Volume 14, Number 9, November 2014, pp. 1228-1236(9)

Synthesis of pyrazolo[4,3-a]phenanthridines, a new scaffold for Pim kinase inhibition. Author(s) : Virginie Suchaud, Laurent Gavara, Francis Giraud, Lionel Nauton, Vincent Théry, Fabrice Anizon, Pascale Moreau. Source : Bioorganic & Medicinal Chemistry, Volume 22, Issue 17, 1 September 2014, Pages 4704–4710.

Macrocyclic arylopeptoids–a novel type of cyclic N-alkylated aromatic oligoamides forming nanotubular assemblies. T Hjelmgaard, O Roy, L Nauton, M El-Ghozzi, D Avignant, C Didierjean. Source : Chemical Communications 50 (27), 3564-3567.

  • 2013

Identification of 1,6-dihydropyrazolo[4,3-c]carbazoles and 3,6-dihydropyrazolo[3,4-c]carbazoles as new Pim kinase inhibitors. Author(s) :Virginie Suchaud, Laurent Gavara, Emmanuelle Saugues, Lionel Nauton, Vincent Théry, Fabrice Anizon and Pascale Moreau. Source : BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY : Volume 21, Issue 14, 15 July 2013, Pages 4102–4111

Synthesis, Characterization, X-ray Structure, DNA Cleavage, and Cytotoxic Activities of Palladium(II) Complexes of 4-Phenyl-3-thiosemicarbazide and Triphenylphosphane. Author(s) : Fillipe Vieira Rocha, Carolina Valério, Barra ,Antonio Eduardo Mauro, Iracilda Z. Carlos, Lionel Nauton, Malika El Ghozzi, Arnaud Gautier, Laurent Morel,Adelino Vieira Godoy Netto.Source :EUROPEAN JOURNAL OF INORGANIC CHEMISTRY, Volume 2013, Issue 25, pages 4499–4505, September 2013 : DOI : 10.1002/ejic.201201560

Luminogenic “clickable” lanthanide complexes for protein labeling. Author(s) : Nicolas Candelon, Niculina D. Hădade, Mihaela Matache, Jean-Louis Canet, Federico Cisnetti, Daniel P. Funeriu, Lionel Nauton and Arnaud Gautier. Source :Chem. Commun., 2013,49, 9206-9208

Structure-Based Design of PDZ Ligands as Inhibitors of 5-HT2A Receptor/PSD-95 PDZ1 Domain Interaction Possessing Anti-hyperalgesic Activity. Author(s) : Alexandre Vogrig, Liam Dorr, Naoual Bouzidi, Benjamin Boucherle, Anne-Sophie Wattiez, Elisabeth Cassier, Gary Vallon, Isabelle Ripoche, Isabelle Abrunhosa-Thomas, Philippe Marin , Lionel Nauton, Vincent Thery, Christine Courteix , Lu-Yun Lian, and Sylvie Ducki.Source : ACS Chem. Biol., 2013, 8 (10), pp 2209–2216:DOI : 10.1021/cb400308u.

Identification of pyrrolo[2,3-g]indazoles as new Pim kinase inhibitors. Author(s) : Laurent Gavara, Virginie Suchaud, Lionel Nauton, Vincent Théry, Fabrice Anizon, Pascale Moreau. Source : Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters : Volume 23, Issue 8, 15 April 2013, Pages 2298–2301.

Are Cu(I)–mesoionic NHC carbenes associated with nitrogen additives the best Cu–carbene catalysts for the azide–alkyne click reaction in solution ? A case study. Author(s) : Stephan Hohloch, Biprajit Sarkar, Lionel Nauton, Federico Cisnetti, Arnaud Gautier. Source : Tetrahedron Letters : Volume 54, Issue 14, 3 April 2013, Pages 1808–1812 :

  • 2012

FSAB : A new fructose-6-phosphate aldolase from Escherichia coli. Cloning, over-expression and comparative kinetic characterization with FSAA. Author(s) : Sanchez-Moreno, Israel ; Nauton, Lionel ; Thery, Vincent ; et al. Source : JOURNAL OF MOLECULAR CATALYSIS B-ENZYMATIC. Volume : 84 Special Issue : SI Pages : 9-14 Published : DEC 2012 :

Synthesis and biological activities of 4-substituted pyrrolo[2,3-a]carbazole Pim kinase inhibitors. Author(s) : Giraud, Francis ; Akue-Gedu, Rufine ; Nauton, Lionel ; et al. Source : EUROPEAN JOURNAL OF MEDICINAL CHEMISTRY. Volume : 56 Pages : 225-236 Published : OCT 2012 :

Clicked europium dipicolinate complexes for protein X-ray structure determination. Author(s) : Talon, Romain ; Nauton, Lionel ; Canet, Jean-Louis ; et al. Source : CHEMICAL COMMUNICATIONS Volume : 48 Issue : 97 Pages : 11886-11888 Published : 2012 :

Access to functionalised silver(I) and gold(I) N-heterocyclic carbenes by[2+3] dipolar cycloadditions. Author(s) : Hospital, Audrey ; Gibard, Clementine ; Gaulier, Christelle ; et al. Source : DALTON TRANSACTIONS Volume : 41 Issue : 22 Pages : 6803-6812 Published : 2012 :

  • 2011

Synthesis and molecular modeling study of new trimeric quinoline derivatives. Author(s) : Saugues, Emmanuelle ; Nauton, Lionel ; Thery, Vincent ; et al. Source : BIOORGANIC CHEMISTRY. Volume : 39 Issue : 4-6 Pages : 143-150 Published : AUG-DEC 2011 :

Synthesis, Protein Kinase Inhibitory Potencies, and in Vitro Antiproliferative Activities of Meridianin Derivatives. Author(s) : Giraud Francis ; Alves Georges ; Debiton Eric ; et al. Source : JOURNAL OF MEDICINAL CHEMISTRY. Volume : 54 Issue : 13 Pages : 4474-4489 Published : JUL 14 2011 :

A platinum Chugaev carbene complex as a potent anticancer agent. Author(s) : Alves Georges ; Morel Laurent ; El-Ghozzi Malika ; et al. Source : CHEMICAL COMMUNICATIONS. Volume : 47 Issue : 27 Pages : 7830-7832 Published : 2011 :

  • 2010

Synthesis, Pim kinase inhibitory potencies and in vitro antiproliferative activities of diversely substituted pyrrolo[2,3-a]carbazoles. Author(s) : Akue-Gedu Rufine ; Nauton Lionel ; Thery Vincent ; et al. Source : BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY. Volume : 18 Issue : 18 Pages : 6865-6873 Published : SEP 15 2010 :

Click Chelators - The Behavior of Platinum and Palladium Complexes in the Presence of Guanosine and DNA. Author(s) : Chevry Aurelien ; Teyssot Marie-Laure ; Maisonial Aurelie ; et al. Source : EUROPEAN JOURNAL OF INORGANIC CHEMISTRY. Issue : 22 Pages : 3513-3519 Published : AUG 2010 :

12-Helix Folding of Cyclobutane beta-Amino Acid Oligomers. Author(s) : Fernandes Carlos ; Faure Sophie ; Pereira Elisabeth ; et al. Source : ORGANIC LETTERS. Volume : 12 Issue : 16 Pages : 3606-3609 Published : AUG 20 2010 :

Aromatic Nitrogen Donors for Efficient Copper(I)-NHC CuAAC under Reductant-Free Conditions. Author(s) : Teyssot Marie-Laure ; Nauton Lionel ; Canet Jean-Louis ; et al. Source : EUROPEAN JOURNAL OF ORGANIC CHEMISTRY. Issue : 18 Pages : 3507-3515 Published : JUN 2010 :